南京市交通局主要职责：
(一)贯彻执行国家和省有关交通的方针、政策、法律、法规;拟定并执行全市公路、水路交通行业发展战略、产业政策和法规;制定全市公路、水路交通行业的发展规划和计划，并组织实施;负责交通行业统计工作和信息引导。
(二)组织实施国家、省、市重点和大中型公路、水路交通工程建设;负责全市公路、水路交通基础设施建设、维护和港口及港航设施建设使用岸线布局的行业管理。
(三)依据国家和省、市的有关法律、法规、政策，负责全市公路、水路交通运输业的行业管理和运政管理;维护全市公路、水路交通运输行业的平等竞争秩序，引导交通运输行业优化结构、协调发展;组织实施重点物资运输和紧急运输。
(四)负责全市公路路政、水路航政管理和交通规费稽征管理;组织、协调或参与交通建设资金的筹集;负责市管交通资金的拨付和监管;指导交通行业内部审计工作。
(五)负责除国家交通部直管以外的本市其他通航水域、港口的水上安全监督、内河救助打捞工作;负责船舶检验和船舶防污监督工作;负责和指导全市交通行业的安全生产管理工作。
(六)负责全市车辆维修市场、机动车驾驶学校及驾驶员培训、车辆综合性能检测站及车站、营业性停车场的行业管理。
(七)制定并纽织实施交通行业科技规划、技术标准和规范，组织重大交通科技项目攻关;指导并监督交通行业质量、技术、通信信息、环保、节能工作，推动行业技术进步。
(八)指导交通行业行政执法和行业体制改革。
(九)负责交通行业利用外资、国际交流与合作工作。
(十)承担市国防动员委员会交通战备办公室工作。
(十一)负责局机关和局所属单位组织、宣传、统战、纪检、监察、机构编制、人事、劳动工资及群团等工作。